Malgré la formation d'un gouvernement d'unité nationale, les seigneurs de guerre somaliens sont trop dispersés et divisés pour résister efficacement à l'armée éthiopienne, qui s'empare de Mogadiscio et annonce l'imposition de son propre gouvernement transitoire, ainsi qu'un référendum d'annexion. La seule réelle résistance vient du Somaliland, qui a repoussé les quelques tentatives d'incursions éthiopiennes jusque là.