La prise du pouvoir par Museveni en Ouganda après une guerre civile va se suivre de représailles contre les Acholis, soutiens de l'ancien gouvernement, poussant à l'organisation de groupes rebelles, centrés autour de la floi chrétienne dans le sillon du mouvement d'Alice Auma, dont Kony devient la tête, avant de lancer son insurrection.